brede_ui_mat

(export/brede/brede_ui_mat.m)

Function Synopsis

varargout = updatePage(h, hg)

Help text

 brede_ui_mat         - UI for viewing a 'Mat' structure

       function brede_ui_mat
       function brede_ui_mat(M)

       Input:  M    'Mat' structure 

       This function controls the window for editing and viewing a
       'mat' structure, - which contains a numerical matrix. The 'mat'
       structure can either be setup by calling the function with an
       input argument, it can be read in from a comma-separated
       values (CSV) file, or it can be setup from Analyze volume files.   

       The matrix stored behind the graphical user interface can be
       reached by the "Pop mat structure" command in the "view"
       menu. This menu command pops the variable to the
       workspace. Then write with the Matlab prompt: 
         >> M = ans
       The first element in the matrix is now available as 
         >> M.matrix(1,1)  

       Menu Commands: 
         File|Open Variable     - Read a 'mat' structuree variable 
                                  from the workspace  
         File|Open CSV file     - Open a comma or semicolon separated
                                  file with numbers. 
         File|Open volumes (text file with filenames) - Open Analyze
                                  files with their filenames
                                  specified in a text file
         File|Open volumes (4D analyze file) - Open an 4-dimensional
                                  analyze file
         File|Open AIR          - Open Roger Wood 16-parameter AIR
                                  file 
         File|Open SPM Mat      - Open SPM transformation matrix
                                  from .mat Matlab file
         File|Open SPM SN       - Open SPM transformation matrix
                                  from *_sn.mat Matlab file

         View|Pop Mat structure - Pop the mat structure to the 
                                  command line

         Spawn menu items will open a new window with a new matrix
 
         Spawn|Extract columns - Reduced matrix. The columns in the
                                 popup window can be specified, e.g.,
                                 as:
                                      1:2 7 10:14
                                 The function brede_mat_submatrix is
                                 used for the extraction of the
                                 columns. 
         Spawn|Extract rows    - Reduced matrix 
         Spawn|Transpose       - Matrix transpose: M'
         Spawn|Inner product   - M'*M matrix product
         Spawn|Outer product   - M*M' matrix product

         Menu|Analyze|Hierarchical NMF - Run non-negative matrix
                                         factorization. This might take
                                         long time. 
         Menu|Analyze|Hierarchical K-means clustering (columns) - Cluster
                                         the columns with the K-means
                                         algorithm 
 
       Example: 
         brede_ui_mat

       See also BREDE, BREDE_MAT, BREDE_READ, BREDE_MAT_CENTER,
                BREDE_MAT_CONCORDANCE, 
                BREDE_MAT_HKMC, BREDE_MAT_HNMF, 
                BREDE_MAT_IPRODUCT, BREDE_MAT_KMC, BREDE_MAT_MAT2MAT,
                BREDE_MAT_OPRODUCT, BREDE_MAT_PLOT_COUNT,
                BREDE_MAT_SCALE, BREDE_MAT_SVD, 
                BREDE_MAT_TRANSPOSE, BREDE_READ_ANALYZE4D,
                BREDE_READ_AIR, BREDE_READ_CSV2MAT, BREDE_READ_SPM_MAT,
                BREDE_READ_SPM_SN_AFFINE, BREDE_READ_TXTTABLE,
                BREDE_READ_VOLUMES, 
                BREDE_UI_EXP, BREDE_UI_LOC,
                BREDE_UI_MAT_PARTCORRCOEF, BREDE_WRITE_MAT2CSV,
                BREDE_WRITE_XML.   

 $Id: brede_ui_mat.m,v 1.41 2008/06/05 18:56:52 fn Exp $

Cross-Reference Information

brede          export/brede/brede.m
brede_mat      export/brede/brede_mat.m
brede_mat_centerexport/brede/brede_mat_center.m
brede_mat_concordanceexport/brede/brede_mat_concordance.m
brede_mat_corrcoefexport/brede/brede_mat_corrcoef.m
brede_mat_hkmc export/brede/brede_mat_hkmc.m
brede_mat_hnmf export/brede/brede_mat_hnmf.m
brede_mat_icc  export/brede/brede_mat_icc.m
brede_mat_iproductexport/brede/brede_mat_iproduct.m
brede_mat_kmc  export/brede/brede_mat_kmc.m
brede_mat_mat2htmlexport/brede/brede_mat_mat2html.m
brede_mat_mat2locexport/brede/brede_mat_mat2loc.m
brede_mat_mat2matexport/brede/brede_mat_mat2mat.m
brede_mat_mat2volexport/brede/brede_mat_mat2vol.m
brede_mat_mean export/brede/brede_mat_mean.m
brede_mat_nmf  export/brede/brede_mat_nmf.m
brede_mat_oproductexport/brede/brede_mat_oproduct.m
brede_mat_partcorrcoefexport/brede/brede_mat_partcorrcoef.m
brede_mat_plot_clusterbushexport/brede/brede_mat_plot_clusterbush.m
brede_mat_plot_countexport/brede/brede_mat_plot_count.m
brede_mat_plot_linesexport/brede/brede_mat_plot_lines.m
brede_mat_rows2strsexport/brede/brede_mat_rows2strs.m
brede_mat_scaleexport/brede/brede_mat_scale.m
brede_mat_submatrixexport/brede/brede_mat_submatrix.m
brede_mat_sum  export/brede/brede_mat_sum.m
brede_mat_svd  export/brede/brede_mat_svd.m
brede_mat_transposeexport/brede/brede_mat_transpose.m
brede_read_air export/brede/brede_read_air.m
brede_read_analyze4dexport/brede/brede_read_analyze4d.m
brede_read_csv2matexport/brede/brede_read_csv2mat.m
brede_read_spm_matexport/brede/brede_read_spm_mat.m
brede_read_spm_sn_affineexport/brede/brede_read_spm_sn_affine.m
brede_read_txttableexport/brede/brede_read_txttable.m
brede_read_volumesexport/brede/brede_read_volumes.m
brede_struct_getelementexport/brede/brede_struct_getelement.m
brede_struct_struct2strexport/brede/brede_struct_struct2str.m
brede_ui_loc   export/brede/brede_ui_loc.m
brede_ui_mat_partcorrcoefexport/brede/brede_ui_mat_partcorrcoef.m
brede_ui_vols  export/brede/brede_ui_vols.m
brede_write_airexport/brede/brede_write_air.m
brede_write_mat2csvexport/brede/brede_write_mat2csv.m

brede          export/brede/brede.m
brede_air      export/brede/brede_air.m
brede_mat      export/brede/brede_mat.m
brede_read     export/brede/brede_read.m
brede_ui       export/brede/brede_ui.m
brede_ui_bibs  export/brede/brede_ui_bibs.m
brede_ui_cel   export/brede/brede_ui_cel.m
brede_ui_loc   export/brede/brede_ui_loc.m
brede_ui_mat_partcorrcoefexport/brede/brede_ui_mat_partcorrcoef.m
brede_ui_roi   export/brede/brede_ui_roi.m
brede_ui_rois  export/brede/brede_ui_rois.m
brede_ui_sur   export/brede/brede_ui_sur.m
brede_ui_vol   export/brede/brede_ui_vol.m
brede_ui_vols  export/brede/brede_ui_vols.m